임대매장에서 임직원 할인액만큼 차감하고 계산서를 발행하기로 합의했는데, 이 경우 세무 처리는 어떻게 되나요?

할인액만큼 수수료 자체를 감액하기로 합의한 것이라면, 감액 후 수수료를 공급가액으로 하여 계산서(부가가치세 과세거래라면 세금계산서)를 발급하는 방식이 가능합니다. 다만 지급액에서 할인 보전액을 단순히 상계하기로 한 것이라면 수수료 전액으로 발급하고 할인 보전액은 별도 정산해야 합니다.

따라서 합의서나 계약서에 할인액을 수수료에서 공제해 수수료 금액 자체를 줄인다는 내용이 분명히 있고, 수수료 산정표와 정산서에도 같은 방식으로 반영된다면 그 감액 후 금액으로 발급하시면 됩니다. 세금계산서에는 해당 거래의 실제 공급가액을 반영해야 하므로, 실제 수수료는 그대로인데 지급액만 줄어든 경우까지 감액 발급하면 맞지 않을 수 있습니다.

부가가치세 과세표준은 공급한 용역의 공급가액을 기준으로 하며, 공급조건에 따라 통상의 대가에서 직접 깎아 주는 금액은 공급가액에 포함하지 않습니다(부가가치세법 제29조제1항·제3항·제5항제1호). 이 기준은 임대매장의 판매 할인액을 수수료와 맞춰 정산했다는 사정만으로 수수료 과세표준이 자동으로 줄어드는 것은 아니라는 뜻입니다. 할인액 공제가 수수료 감액인지, 별도 할인 보전액의 상계인지를 문서상 일치시켜 두시는 것이 중요합니다.

발급 전에는 합의 내용, 할인 내역, 수수료 산정표와 정산서의 금액이 서로 맞는지 확인하고, 발급 후에도 장부에서 수수료와 할인 보전액의 성격을 구분해 기록하세요. ‘계산서’가 부가가치세가 면제되는 거래의 계산서를 뜻하는 경우에는 과세거래의 세금계산서와 구분해 발급 종류를 판단해야 합니다.