사업자등록 승계 시 양도인의 부가가치세 환급 내역을 확인하지 않았을 때 발생할 수 있는 리스크는 무엇인가요?

양도인의 부가가치세 환급 내역을 확인하지 않았다고 해서 그 환급액을 양수인이 자동으로 반환해야 하는 것은 아닙니다. 다만 포괄양도 여부와 양수 후 과세유형에 따라, 양수한 자산의 매입세액 공제 이력이나 추가 납부 가능성을 놓칠 수 있습니다.

• 일반적인 사업 포괄양도: 사업장별 권리·의무를 포괄적으로 넘기는 거래는 원칙적으로 부가가치세 과세대상인 재화의 공급으로 보지 않습니다. 양도인이 과거에 환급받았다는 사실만으로 그 환급액이 양수인에게 승계되거나 환수되는 것은 아닙니다. 다만 실제로 사업에 관한 권리·의무가 포괄 승계되지 않았다면 사업양도 처리가 부인되어 거래의 부가가치세 처리와 세금계산서 처리에 문제가 생길 수 있습니다.
• 간이과세자로 바뀌는 경우: 양수인이 일반과세자에서 간이과세자로 변경되면, 변경 시점의 재고품·건설 중 자산·일부 감가상각자산에 대해 납부세액에 더하는 금액이 발생할 수 있습니다. 이때 사업양도로 취득한 자산이라도 양도인이 매입세액을 공제받은 재화는 특례 대상에 포함될 수 있습니다. 따라서 양도인의 과거 환급·공제 내역은 자산별로 매입세액 공제 여부를 확인하는 자료가 됩니다.
• 환급 내역만으로 결론 내릴 수는 없습니다: 환급이 있었더라도 해당 사업·자산과 관련된 것인지, 양수한 자산에 대한 것인지, 현재 재고품 등 특례 대상에 해당하는지 따져야 합니다. 반대로 환급이 없었다는 사실만으로 매입세액을 공제받지 않았다고 단정하기도 어렵습니다.

계약 전에는 환급·공제 신고 내역과 자산별 세금계산서, 재고·감가상각자산 명세, 부가가치세 신고서를 대조하고, 양수 후 간이과세 전환 여부도 함께 점검하시는 것이 좋습니다. 간이과세 전환 특례가 적용된다면 변경되는 날이 속한 직전 과세기간의 확정신고와 함께 재고품등 신고서를 제출해야 합니다(부가가치세법 시행령 제112조).