자치구가 원천징수 의무를 부담할 때 원천징수세액을 늦게 납부하면 가산세는 어떤 방식으로 계산하나요?

자치구가 원천징수의무자인 경우에는 원칙적으로 국세의 원천징수 등 납부지연가산세가 적용되지 않습니다. 다만 「소득세법」 제128조의2가 적용되는 경우는 예외이므로, 지급한 소득이 그 조항에 해당하는지 별도로 확인해야 합니다.

「국세기본법」 제47조의5제3항은 국가·지방자치단체·지방자치단체조합이 원천징수의무자인 경우 제47조의5제1항의 가산세를 적용하지 않도록 정하고 있습니다. 따라서 자치구가 일반적인 원천징수세액을 늦게 납부한 상황이라면, 앞서 설명한 미납세액의 3% 및 지연기간에 따른 가산세 산식을 그대로 적용하지 않습니다. 다만 제128조의2에 해당하면 이 제외 규정이 적용되지 않습니다.

또한 개인지방소득세 특별징수분은 국세와 별도로 판단해야 합니다. 제공된 규정에는 지방자치단체가 납세의무자인 경우 일부 납부지연 가산세를 적용하지 않는 조항이 있지만, 이는 특별징수의무자의 미납·과소납부 가산세 전체를 면제한다고 정한 내용은 아닙니다. 따라서 국세가 면제된다고 해서 지방소득세 특별징수분까지 자동으로 면제된다고 보기는 어렵습니다.

실무적으로는 국세 원천징수분과 개인지방소득세 특별징수분을 나누고, 지급한 소득이 「소득세법」 제128조의2 예외에 해당하는지 확인하셔야 합니다. 정당한 사유 등 일반적인 가산세 면제 사유가 있는 경우에는 그 사유도 별도로 검토할 수 있습니다.